En av stadens skogsskötselprinciper är ekologisk hållbarhet. I praktiken är ingen av stadens skogar sådana som är i naturtillstånd. Århundraden gamla skikt av trädbestånd, vegetation och rötträd saknas. I mitten på 1800-talet var skogarna i sådant skick att det i närheten av bosättning ställvis rent av rådde brist på brännved.
Som ett resultat av bland annat naturlig utveckling och systematiskt skogsbruk finns det år 2020 mera träd och trädbeståndet ökar mera i stadens skogar än någonsin tidigare under dess mätningshistoria. I de långsamt växande skogarna finns det ställvis redan vissa naturskogsdrag och exempel på skogssuccession som uppkommer genom landhöjning.
Av stadens skogsbruksmarker är ca 600 ha (ca 14 %) skyddade eller fridlysta på olika sätt. Av dessa är ca 345 ha egentlig skog och tvinmark med skogsbestånd. Ca 255 ha består av bl.a. torvmark, strandområden och -trädbestånd samt bergsområden och -skogar.
Staden äger ca 140 ha officiella naturskyddsområden av vilka ca 100 ha har skog. Resten av skogarna (ca 245 ha) som är skyddade och/eller fridlysta har enligt markägarens önskan lämnats utanför skogsvårds- och skogsbruksverksamhet.
Staden har restaurerat ett myrområde på skiftet i Perho. Området som omfattades av restaureringen uppgår till ca 15 ha.
Utöver områdena ovan är exempelvis alla värdefulla habitat och biotoper i enlighet med skogs- och naturvårdslagen naturligtvis skyddade. På grund av exempelvis sin ringa storlek syns dessa objekt ofta inte som egna avgränsade områden utan ingår i större helheter och beaktas alltid separat i samband med olika arbeten eller åtgärder.
På de områden som omfattas av den egentliga skogsskötseln beaktas mångformigheten och naturvården i samband med varje objekt och arbetsslag minst på det sätt som bestämmelser, rekommendationer och certifieringar förutsätter. Utöver dessa är bl.a. att spara trädgrupper, lämna kvar rötträd och vindfällen, viltskogsvård och utökad olikåldrig skogsvård olika sätt att utveckla skogarnas naturvård.