Yksi kaupungin metsänhoidon periaatteita on ekologinen kestävyys. Kaupungin metsissä todellisia luonnontilaisia metsiä ei ole käytännössä ollenkaan. Vuosisataiset kerrostumat puustossa, kasvillisuudessa ja lahopuussa puuttuvat. 1800-luvun puolivälissä metsät olivat siinä kunnossa, että asutuksen lähialueilla oli paikoin pulaa jopa polttopuusta.
Muun muassa luontaiset kehityksen ja systemaattisen metsänkasvatuksen seurauksena vuonna 2020 kaupungin metsissä on puuta sekä puusto kasvaa enemmän kuin koskaan mittaushistorian aikana. Hiljalleen varttuvissa metsissä on paikoin jo kohtalaisia luonnonmetsän piirteitä ja maankohoamista seuraavan metsäsukkession esimerkkejä.
Kaupungin metsätalousmaista on eri tavoin suojeltu tai rauhoitettu n. 600 ha (n. 14%). Tästä varsinaista metsää ja puustoisia kitumaita on n. 345 ha. Noin 255 ha on mm. avosoita, ranta-alueita ja -puustoja sekä kallioalueita ja -puustoja.
Virallisia luonnonsuojelualueiden metsiä kaupungilla on omistuksessa n. 140 ha, josta metsäisää on n. 100 ha. Loput suojelun ja/tai rauhoituksen piirissä olevat metsät (n. 245 ha) ovat maanomistajan omasta tahdosta jätetty metsänhoidon ja -metsätaloustoiminnan ulkopuolelle.
Kaupunki on ennallistanut Perhon palstalla yhden suoalueen. Ennallistamisen vaikutuksen alainen alue on n. 15 ha.
Edellisten lisäksi kaikki esimerkiksi metsä- ja luonnonsuojelulain mukaiset arvokkaat elinympäristöt ja luontotyypit ovat luonnollisesti suojeltuja. Nämä kohteet eivät useinkaan esiinny esimerkiksi pienialaisuuden vuoksi omina rajattuina alueinaan vaan sisältyvät laajempiin kokonaisuuksiin ja huomioidaan aina kulloisenkin työn tai toimenpiteen yhteydessä erikseen.
Varsinaisen metsänhoidon piirissä olevilla alueilla huomioidaan monimuotoisuus ja luonnonhoito jokaisen kohteen ja työlajin yhteydessä vähintään säädösten, suositusten ja sertifioinnin edellyttämällä tavalla. Niiden lisäksi mm. säästöryhmät, lahopuiden ja tuulenkaatojen jättäminen, riistametsänhoito ja lisääntyvä eri-ikäisrakenteinen metsänhoito ovat keinoja metsien luonnonhoidon kehittämisessä.